Водные растения составляют особую группу растений, сильно отличающихся по многим признакам от сухопутных растений, что связано прежде всего с особенностями среды их существования. Вода - среда более плотная, чем воздух, пропускает значительно меньше света, в ней содержится меньше воздуха, температурный режим ровнее. Все это отражается на строении и образе жизни растений, особенно тех, которые полностью погружены в воду (гидрофиты), несколько меньше на растениях, поднимающихся над водой (гелофиты) .

Многие водные растения потеряли связь с грунтом, лишены корней и усваивают вещества, растворенные в воде, всей поверхностью своего тела, - ряска, пузырчатка, роголист, водокрас. Некоторые растения, испытывая недостаток в питании, восполняют его за счет «переваривания» мелких животных - пузырчатка. В связи с недостатком в толще воды света и углекислого газа растения вынуждены увеличивать поверхность листьев при сохранении относительно небольшого объема - за счет рассечения листовых пластинок на нитевидные доли (роголист, пузырчатка) или образуя тонкие (в 1-2 слоя клеток) листья, как у элодеи, водных мхов. Это позволяет хлорофиллоносным клеткам получать максимум света и облегчает проникновение углекислого газа к ним.

Для растений с плавающими листьями характерно развитие двух типов листьев, заметно отличающихся друг от друга (гетерофилия). Плавающие на поверхности водоема листья крупные, довольно плотные, не рассеченные, в основном они и осуществляют фотосинтез, погруженные в воду листья рассечены на тонкие доли, и их главная функция - всасывать питательные вещества из воды (стрелолист, кубышка, кувшинка) . Некоторые растения могут расти и в воде, и на суше (правда, сильно увлажненной), такие растения называют земноводными или амфибиями - стрелолист, частуха земноводная и др. Механические ткани в стебле и листьях у водных растений развиты слабо, так как в воде поддерживать растения легче, чем в воздухе. В органах водных растений обычно хорошо развиты межклеточные полости, заполненные воздухом, это увеличивает легкость и плавучесть их, а также облегчает газообмен в тканях.

У водных растений вегетативное размножение распространено шире, чем семенное. У многих видов существуют особые органы вегетативного размножения в виде специальных зимующих почек, богатых питательными веществами и называемых турионами (от латинского «турио» - рост). Осенью эти почки опускаются на дно, а весной всплывают на поверхность и прорастают, образуя новое растение. Очень интересное предположение о происхождении водных плавающих (не укрепляющихся в грунте) растений высказал известный советский ботаник Б. А. Быков. По его мнению, предками этих растений были эпифиты тропических лесов, где и теперь есть их близкие родственники. Центром происхождения большинства семейств, к которым относятся наши обычные водные растения, также являются тропики. Такие признаки водных растений, как редукция корневой системы, образование воздушных межклеточных полостей, склонность к насекомоядности, характерны и для многих эпифитов, живущих на деревьях во влажных тропических лесах.

Водная среда (реки, озера и др.) является хранилищем древних элементов флоры, реликтовых видов, например таких редких, занесенных в Красную книгу видов, как каулиния тончайшая, лобелия Дортманна, водяной орех, полушники, лотос и др.